Cengiz Han önderliğindeki Moğollar orta Asya’dan doğuya doğru gelerek büyük bir istilanın adımlarını atmışlardır. Bu bölgede bulunan İslam imparatorluğunun da yıkımını hazırlamıştırlar. Maveraünnehir bölgesinde bulunan Buhara şehri bu dönemde İslamiyet’in önemli merkezlerinden biridir. Burada inşa edilen Kalyan minaresi en önemli İslami yapılardan biridir. Cengiz Han 1220 yılında Moğol kabilelerini birleştirerek orta Asya bölgesine doğru hareket etmeye başlamıştır. Cengiz Han bir şehre saldırmadan önce onlara teslim olmaları durumunda burada yaşayan halka zarar vermeyeceklerini aksi takdirde bütün halkı katledeceğini bildirirdi. Bu taktikle bir şehri fethettiğinde bir sonraki şehir sonunu görebildiği için teslim olmayı seçebiliyordu. Buhara şehri de teslim olmayı reddetmiştir. Bunu şehrin çevresini kaplayan yirmi metre yükseklikteki surlara güvenerek yapmışlardır. Ancak Moğol ordusu Buhara şehrini ele geçirerek buradaki halkı katletmişlerdir. Burada yaşayan bütün zenginlerin mallarına el koyulmuş ve şehir yakılmıştır.
Moğol istilası İslam dünyasında giderek bir yıkımı meydana getirmekteydi. Cengiz Han doğu ile batı arasındaki ticareti sağlamayı düşünüyordu. Cengiz Han’ın ölümüyle birlikte imparatorluk her biri ayrı bir bölgeyi kontrol eden dört oğlu tarafından yönetilmeye başlanıldı. İslam dünyasına göre Moğol istilası durdurulamaz bir haldeydi. Bu oğullarından birinin yönettiği ilhanlı hanlığı İslamiyet’i kabul ederek 14.yy’da Anadolu’yu istila ettiler. Ahlat şehrinde Selçuklu Türkleri, ilhanlılar ve Uygurlar bir arada yaşadıkları yapılan kazılarda görülmektedir. Selçuklular ve İlhanlılar İslamiyet’i kabul ederken Uygurlar ise Budist olarak bu bölgede yaşamışlardır. 14.yy’da orta Asya’da bulunan Çağatay Hanlığından çıkan Büyük Timur Sadece Moğol sancağı altında değil aynı zamanda İslam adı altında da mücadele edecektir. Timur’un amacı Cengiz Han’ın oluşturduğu Moğol imparatorluğunu tekrar bir araya getirerek sınırlarını daha da genişletmektir. Timur da Cengiz Han gibi şehirleri acımasızca fethetmeye başlamıştır. Timur Cengiz Han’dan farklı olarak İslam bilim ve kültürünün etkisi altında kalmıştır. Timur zamanında İslam bilim ve kültürü de yükselişe geçmiştir. Timur Semerkant şehrini imparatorluğunun başkenti olarak ilan etti ve bu şehri imparatorluğuna yakışır bir şekilde yapıtlar ile süsledi. Timur sadece büyük bir hükümdar değil aynı zamanda büyük bir Müslüman liderdir. Semerkant şehri de onun döneminde İslam’ın en önemli merkezlerinden biri olmuştur. Timur’un torunlarından Ulubey’in yapmış olduğu gözlem evi ile astronomik gözlemler yapmışlardır. Bu astronomik düzen ile yıldızların koordinatları ve büyüklükleri hakkında bilgiler elde etmişleridir. Greenwich meridyeninin bulunmasından yaklaşık 400 yıl önce Ulubey burada inşa ettiği gözlem evini bir meridyen üzerinde inşa ederek Greenwich meridyeninin bulunmasına katkıda bulunmuştur.
